La descomposición de materia orgánica (MO) es uno de los procesos claves en el funcionamiento de los todos los ecosistemas, incluidos los acuáticos. Cada año los productores primarios fijan cerca de 100 gigatoneladas de carbono orgánico, y cada año, prácticamente la misma cantidad de MO es descompuesta completando el ciclo global de carbono. No obstante, aunque la descomposición constituye un proceso ecosistémico, de importancia comparable a la producción primaria, se conoce mucho mejor todo lo relacionado con ésta última y el papel que desempeñan los organismos autótrofos en la misma, que lo relativo a los procesos de descomposición y, especialmente, al papel que llevan a cabo los microorganismos en ellos. Existen diferentes razones para este desconocimiento. La más importante es que la descomposición es un proceso muy complejo que se manifiesta a nivel de comunidad, involucrando a múltiples organismos a distintas escalas espaciales y temporales, mientras que la producción primaria es un proceso que, en última instancia, se manifiesta a nivel de cada organismo autótrofo de forma individual e involucra a una fracción mucho menor de biodiversidad. Por otro lado, es muy complejo analizar la fracción microbiana que desarrolla la mayor parte de los procesos de descomposición y sólo muy recientemente se han empezado a desarrollar técnicas para estudiar el funcionamiento in situ de estas comunidades. Por todo ello, los estudios funcionales sobre el papel de la descomposición en los ecosistemas son muy escasos, a pesar de las implicaciones que esto puede tener en la comprensión del ciclo de carbono y procesos relacionados, como el cambio climático y los mecanismos de intercambio de carbono entre la atmósfera y los ecosistemas acuáticos y terrestres. Esto es especialmente importante para los humedales, que constituyen uno de los sistemas más productivos del planeta y donde la mayoría de carbono se acumula en forma de MO que entra en la vía detrítica.