Esta guía presenta metodologías detalladas para cada uno de los parámetros críticos monitorizados, excepto para macroinvertebrados y evaluación del paso de peces. Debido a la gran variabilidad asociada a estos parámetros biológicos, tan sólo se da una guía general. La guía de seguimiento aporta también importantes parámetros de seguimiento que los científicos y usuarios pueden escoger basándose en cada caso concreto.