Cuentan que Francesc Baltasar lo pasó tan mal durante la crisis de la sequía que sufrió Cataluña en el invierno de 2008, que rezaba a la virgen de la Moreneta para que lloviese. Lo cierto es que aquella sequía y los dos trasvases que se proyectaron para paliarla, el del Ebro y el del Segre, le han traído muchos dolores de cabeza al ex conseller ecosocialista de Medi Ambient i Habitatge. El caso del trasvase del Segre fue incluso investigado por la Fiscalía, que lo archivó. Pero el asunto todavía está a la espera de lo que dictamine el Tribunal de Cuentas al que la Sindicatura de Comptes remitió un informe en el que detectó «graves irregularidades» que podrían dar lugar a «responsabilidades contables y penales».

La sequía acuciaba tanto que la Agència Catalana de l'Aigua (ACA), dependiente del Departament de Medi Ambient, decidió comprar tubos y otros componentes para poner en marcha el trasvase del agua del Segre a Barcelona de forma directa sin el preceptivo concurso público. La adquisición de estos materiales costó 22 millones de euros, que se detrajeron de otras partidas del presupuesto. La idea de la Agència Catalana del Agua era la de convocar el concurso a posteriori, pero como La Moreneta escuchó los ruegos de Baltasar y llovió, se acabó la sequía y se desarticuló el proyecto de trasvase del río, el concurso no llegó a efectuarse y los materiales tampoco fueron utilizados tal y como se había previsto durante el momento de la emergencia.

La intervención de la Generalitat detectó estas irregularidades, que remitió a la Sindicatura y ésta al Tribunal de Cuentas.