La asociación ecologista WWF/Adena sigue manteniendo una fuerte oposición al dragado del río Guadalquivir. De forma reiterada, la organización viene denunciando el mal estado biológico que sufre este estuario y rechaza el proyecto que quiere acometer la Autoridad Portuaria de Sevilla para mejorar su navegabilidad en todo el curso. Este grupo conservacionista, que ya consiguió frenar el polígono tecnológico de Las Aletas hace cuatro meses, se ha entrevistado recientemente con científicos de la Universidad de Granada que estudian la situación del río andaluz. La zona más afectada va desde la presa de Alcalá del Río a la desembocadura de Sanlúcar, donde la alta concentración de sólidos en suspensión y la salinidad han aumentado en los últimos años de forma preocupante.

WWF atribuye a esta contaminación los problemas que tuvieron los propietarios de piscifactoría y los productores de arroz en 2007 y así lo han puesto de manifiesto en su informe. También sostiene que «los primeros resultados de los estudios sobre la dinámica y funcionamiento del estuario del Guadalquivir corroboran que tiene actualmente graves problemas hidráulicos, morfológicos, tóxicos y biológicos».

«El dragado del estuario es una de las grandes amenazas para el Guadalquivir y para Doñana», según WWF. Los efectos que podría provocar esta actuación son la degradación de este hábitat, aumentaría el oleaje y la erosión de las márgenes del río e incrementaría la amenaza de introducción de especies exóticas o de contaminación por vertidos, al aumentar el calado y numero de barcos que lo navegarían.

Para WWF, el dragado, además, «pondría en peligro el cultivo del arroz o las pesquerías, ya que se aumentaría aún más la turbidez del río». Esta asociación exige a la Junta un plan de recuperación del Bajo Guadalquivir que mejore la calidad del agua, defina los caudales ecológicos, mejore la depuración de aguas residuales y garantice el vertido cero de la mina de Las Cruces, como se aprobó en el Consejo de Participación de Doñana.

También aboga por deslindar el dominio público marítimo terrestre del río y restaurar su margen izquierdo y las llanuras mareales. Otra opción sería desmantelar la denominada 'montaña del río' que impide la entrada de agua del Guadalquivir en las marismas de Doñana. Se trata de depósitos de lodo de los dragados. Tanto en este proyecto como en cualquier otro, los ecologistas de WWF considera necesario que las actividades económicas se adapten al río y no al contrario como a venido sucediendo.