El IDÆA tiene como objetivo el estudio de los cambios naturales y antropogénicos que ocurren en los ecosistemas mediante técnicas químicas y geoquímicas, fundamentalmente aquellos que suponen incrementos de toxicidad en organismos y humanos. El IDÆA se ha organizado a partir de la experiencia de diversos investigadores en medio ambiente, química analítica, geoquímica, hidrología y biotecnología. Éstos tienen una trayectoria contrastada de publicación en revistas de excelencia, participación en proyectos europeos, colaboración en la resolución de accidentes ambientales graves, identificación de problemas ambientales y estudio del cambio climático y global. España tiene una problemática específica derivada de su situación geográfica y climática. La calidad y disponibilidad de agua, tanto la proveniente de ríos como de acuíferos, está sometida a una tasa alta de reutilización y explotación intensiva ante la menor disponibilidad de este recurso. Es necesario desarrollar un esfuerzo importante para controlar y asegurar la calidad de la misma. Otro problema específico concierne la calidad del aire que se ve drásticamente influenciada por los episodios de entrada de polvo sahariano además de los problemas de contaminación urbana e industrial. Otro aspecto importante concierne los efectos de la contaminación difusa sobre los organismos del medio natural y los humanos. El IDÆA dispone de 174 investigadores agrupados en Departamentos de Geociencias y Química Ambiental con los que aborda estos problemas aprovechando una alta capacidad para realizar análisis químicos, estudios ambientales y geoquímicos. Entre ellos dispone del Laboratorio de Dioxinas de mayor trayectoria profesional de España y de un parque instrumental en cromatografía y espectrometría de masas que lo sitúan en una posición de liderazgo a nivel europeo.