La contaminación de las aguas puede proceder de fuentes naturales o de actividades humanas. Normalmente, las fuentes de contaminación natural son muy dispersas y no provocan concentraciones altas de polución, excepto en algunos lugares muy concretos. La contaminación de origen humano, en cambio, se concentra en zonas determinadas y, para la mayor parte de los contaminantes, es mucho más peligrosa que la natural. El desarrollo y la industrialización suponen un mayor uso de agua y una gran generación de residuos muchos de los cuales van a parar a los cauces de los ríos.
Se define, por tanto, vertido como cualquier material de desecho que las instalaciones industriales o energéticas, las ciudades o núcleos de población o las actividades agrícolas o ganaderas arrojan al agua. Su impacto sobre el medio ambiente es negativo y debe ser minimizado por medio de medidas correctoras adecuadas.
En España, la depuración de aguas residuales en todas las poblaciones de más de 15.000 habitantes lleva "un cierto retraso", ya que no llega al 50% de las mismas las que cuentan con depuradoras y, muchas de las existentes tienen una depuración insuficiente por la falta de medios dedicados a su mantenimiento. En España existen 300.000 vertidos de aguas residuales, de los que 60.000 son directos. Algunas de estas aguas, están tan contaminadas, que a pesar de ser depuradas, no pueden reutilizarse, como en el caso de Castellón, donde la concentración de metales pesados es tan elevada, que impide su posterior uso agrícola. En otras ciudades, como Barcelona, los sistemas de tratamiento son inadecuados y en algunas otras como Cádiz, San Sebastian o La Coruña, no contaban todavía en el 2001 con plantas de tratamiento. Madrid y Navarra eran las unicas Comunidades que en el 2005 cumplieron con los criterios marcados por la Unión Europea. Es por tanto una situación no muy halagüeña a nivel general.
Fuente: OCDE: Análisis de los resultados mediambientales
La Directiva 2000/60/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, de 23 de octubre de 2000, por la que se establece un marco comunitario de actuación en el ámbito de la política de aguas es la que establece un marco comunitario para la protección de las aguas superficiales continentales (también en las de transición, costeras y subterráneas) para prevenir o reducir su contaminación, promover su uso sostenible, proteger el medio ambiente, mejorar el estado de los ecosistemas acuáticos etc. Todos los países adaptaron sus legislaciones nacionales a esta directiva antes del año 2003.