Los expertos dejan clara la importancia del agua dulce en el estuario, un factor determinante para conseguir que los sólidos en suspensión de la superficie (causantes de la turbidez) se asienten en estratos y se mantengan unos niveles de oxigenación del agua adecuados por la entrada suficiente de luz. Sin embargo, el aporta de agua fluvial es "insuficiente" en más del 80% de los días del año .

El caudal de agua fluvial necesario para recuperar la biodiversidad del estuario se sitúa en un intervalo de 150-300 metros cúbidos por segundo, según los primeros cálculos, y dependiendo de las condiciones atmosféricas y oceanográficas, del estado del estuario y de la dinámica de las mareas.

A lo largo de su informe, los expertos reiteran que la solución para el estuario está en una gestión integral de todos los usos que ahora tiene. Y advierten que todos los usos no pueden mantenerse al mismo tiempo, con lo que hay que "priorizar o limitar los usos y demandas actuales". Denuncian los "criterios de gestión heterogéneos y descoordinados" que aplican las administraciones competentes, los propietarios y titulares de las concesiones de usos del estuario, en lugar de trabajar todos a una.

La subida del nivel medio del mar esperada para los próximos 50 a 100 años aumentará la superficie inundada del estuario y el prisma de marea, de forma que afectará de forma diferente a los usos actuales del estuario. Los científicos advierten que ello condiciona definitivamente la estrategia actual de ocupación de suelos desecados para nuevas actividades.

La construcción de embalses en la cuenca y el desarrollo del regadío (181% más) ha reducido un 60% la aportación de agua dulce desde 1981. El 80% del agua viene de Alcalá del Río.